深圳欣博盛生物科技有限公司

在表观遗传学研究领域，染色质可及性分析已成为理解基因调控机制的核心手段。然而，从细胞样本到高质量的ATAC-seq数据，研究人员常常面临流程繁琐、试剂分散、低起始量样本信号弱等挑战。作为染色质分析领域的开创者，EpiCypher基于成熟的CUTANA™技术平台，正式推出CUTANA™ ATAC-seq Kit（Cat# 14‑1121‑24rxn）及相关配套产品。ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是一种被广泛应用的表观基因组学技术，用于解析染色质可及性。该技术利用高活性 Tn5 转座酶在开放染色质区域切割基因组 DNA 并同时接上测序接头；转座片段产物经 PCR 扩增，得到可直接用于二代测序的文库。

开放染色质区域富集各类功能元件，包括启动子、增强子、转录因子结合位点，为解析基因调控机制提供多层次信息。因此 ATAC‑seq 可以用于对比不同细胞类型、发育阶段、疾病状态、药物处理条件下的调控组图谱。

CUTANA™ ATAC‑seq 试剂盒搭配兼容 Nextera 的 CDI 引物套装（Cat# 14‑1190‑24rxn），提供构建 24 个测序文库所需的核心试剂，文库一致性与灵敏度优异。

主要优势：

• 简化且快速的工作流程：基于成熟 Omni‑ATAC‑seq 方案，采用八联管、磁珠纯化，整套实验仅需数小时完成。

• 高质量以及可重复性数据：可稳定产出高质量开放染色质图谱（可见以下数据展示）。

• 广泛的样本兼容性：已通过细胞和细胞核样本验证，包括从组织样本中提取的冻存细胞核。

• 低起始量要求：虽然标准反应推荐 50 000 个细胞核；但在低至1 000个细胞核的情况下也可产出高质量数据，适合珍稀样本与低起始量实验。

图一：CUTANA™ ATAC‑seq 完整工作流程示意图。将分离好的细胞核与预装载 CUTANA™ Tn5 转座酶混合；该转座酶在一个 tagmentation（片段化）步骤中同时切割可及染色质并插入测序接头，这一反应赋予了 ATAC-seq 快速和简便的特征。转座反应终止后，使用 SPRI 磁珠纯化 DNA（无需离心柱、无需 pH 调节步骤），随后使用双索引引物通过 PCR 进行扩增和唯一索引；再次使用 SPRI 磁珠纯化，去除引物与接头二聚体。对最终文库进行定量、混样，即可开展标准 Illumina 双端测序。其转座片段化、纯化、加索引整套步骤经过协同优化，在广泛的起始量范围内均可产出稳定、高信号的染色质可及性图谱。

图二：在低起始量的条件下，CUTANA™ ATAC-seq试剂盒性能优于主流竞品 A 试剂盒。

分别使用 CUTANA™ ATAC‑seq 试剂盒、竞品 A 试剂盒，以 K562 细胞核开展 ATAC‑seq，样本起始量设置三个梯度，分别为50000，10000，1000个细胞核。结果显示：CUTANA 试剂盒在每个起始量下均维持高质量数据；竞品 A 试剂盒在低样本量条件下数据质量急剧下滑。

(A) 高表达基因位点 (GAPDH，15 kb)、中表达基因位点 (VAMP2，11 kb)、低表达基因位点 (SLC12A5，35 kb)（表达水平依据 RNA-seq 划分）。CUTANA 试剂盒在 5 万、1 万、1 千细胞核条件下均维持稳定峰信号；竞品 A 信号逐步减弱，1000 核时几乎无信号。 (B) TSS 富集（±2 kb，共 23235 个基因）：CUTANA 试剂盒在每个梯度的起始量下均保持很强富集；竞品 A 急剧下降，1000 细胞核时几乎无富集信号。

图三：CUTANA™ Tn5 转座酶性能与主流竞品B转座酶表现相当。将 CUTANA™ Tn5 转座酶、竞品 B 转座酶分别搭配 CUTANA 试剂盒，使用 K562 细胞核开展 ATAC‑seq。在5万和1万细胞核的样本起始量下均可产出相当的高质量数据。(A) 在 RNA-seq 界定的不同表达层级基因座上，高表达（GAPDH，15 kb）、中表达（VAMP2，11 kb）和低表达（SLC12A5，35 kb的基因组浏览器轨道图显示，两种转座酶在两种起始量下的峰位置和峰形基本一致。(B) 在5万与1万细胞核起始量条件下，两种转座复合物的 TSS 富集（±2 kb 范围，共 23235 个基因）水平相当 (C) 在 50k 细胞核起始量下两种转座体的合并峰集 (67,277 个峰, ±2 kb) 处，信号相当，其中 CUTANA™ Tn5 转座体显示出略微较高的整体信号

重要提示：

尽管ATAC-seq 试剂盒包括整个流程所需的一切，但 Nextera 兼容引物套装对实验成功至关重要，因此建议在每次购买试剂盒时一并购买该引物套装。

另外，CUTANA™ Tn5 酶不仅性能出色，也具备很强的价格优势。为方便您评估验证，我们特别推出了多种灵活的包装规格，最小仅 25 μl。您可以先用小规格轻松试用，在确认性能表现后再按需升级至更大包装，以最低成本完成从现有品牌到 CUTANA™ Tn5 酶的平滑转换。

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